Компания «Аэроэкспресс», со своей стороны, приложила максимум усилий для того, чтобы снизить ущерб, вызванный сбоем на железной дороге. Было организовано оповещение пассажиров в терминале на Павелецком вокзале и в аэропорту Домодедово, актуальная информация о движении предоставлялась пассажирам по телефону горячей линии 8-800-700-33-77. Также было организовано информирование на корпоративном сайте компании и в официальных группах «Аэроэкспресс» в социальных сетях.
За время работы в сбойном режиме компания «Аэроэкспресс» выплатила своим пассажирам компенсации на сумму более 435 тыс.рублей. Был оформлен возврат стоимости проезда на аэроэкспрессе 119 пассажирам, общей суммой 100 тысяч рублей. Также компания «Аэроэкспресс» добровольно взяла на себя обязательства по компенсации стоимости авиабилетов пассажирам, опоздавшим на свои рейсы из-за изменений в графике движения поездов, независимо от причин, вызвавших сбой. Общая сумма выплат по авиабилетам составила почти 335 тыс. рублей.
С 15:30 часов 21 марта 2013 года график движения поездов нормализован, аэроэкспрессы курсируют по расписанию.